Karargah Evleri Projesi'nin, İşçi Partisi'nin, Türk Silahlı Kuvvetleri'ne sızma faaliyeti olduğu iddia ediliyor.
Milli İstihbarat Teşkilatı 2007 yılında bu faaliyetlerle ilgili 330 sayfalık bir rapor hazırlayarak Genelkurmay Başkanlığı'na gönderdi. O raporlar daha sonra Ergenekon soruşturması kapsamında, İşçi Partisine yapılan operasyonlarla ele geçirildi. Açılan davanın delil klasörlerine "Karargah Evleri'nin" işte bu şeması da girdi.
İşçi Partisi binasının dördüncü katında bulunan belgeler, Ergenekon'un terör örgütü irtibatının en büyük delili olarak değerlendiriliyordu.
Söz konusu raporun Genelkurmay'a gönderilmesi üzerine Karargah Evleri ile ilgili, Hava Kuvvetleri Komutanı Faruk Cömert'in emriyle 30 Mart 2007'de soruşturma başlatıldı. Ancak dosya Balyoz davası tutuklusu dönemin Hava Kuvvetleri Adli Müşaviri Hâkim Albay Ahmet Zeki Üçok'a verildi.
O günlerde Askeri ve sivil savcılıklar dosya için karşı karşıya geldi. İki tarafta dosyanın kendilerine verilmesini istedi. Ancak bu talepler taraflarca yerinde bulunmadı ve soruşturma hem sivil hem askeri savcılık tarafından ayrı ayrı yürütüldü.
Askerî yetkililer, 4 yıl sonra dosyayı sivil meslektaşlarına gönderme kararı aldı. Askerî Savcı Binbaşı Ali Fuat Kumral, söz konusu soruşturmada, tek yetkili "sivil savcılıktır" diyerek, 12 Ağustos 2011'de 'görevsizlik' kararı verdi ve dosyayı İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na gönderdi.