8 Ağustos 1960 tarihinde,
, Yeşilova’ya bağlı olan Güney beldesinde dünyaya geldi.
Mustafa Balbay Güney’de ilkokulu okumasının ardından Aydın’a bağlı olan Nazilli ilçesine ailesi ile beraber taşınan Balbay; burada ortaokul ve liseyi tamamladı.
Mustafa Balbay Üniversite eğitimi için İzmir’i seçti. Ege Üniversitesi İletişim Fakültesi’ne kayıt oldu ve bu bölümü 1981 yılında, birincilikle tamamladı.
Mustafa Balbay İzmir’in yerel gazetelerinden olan Gazete İzmir’de bu mesleğe başlayan Balbal, 1981 yılında Milliyet Gazetesi’nin İzmir ofisine transfer oldu, daha sonra ise Cumhuriyet Gazetesi’ne geçiş yaptı.
Mustafa Balbay 1985'te Cumhuriyet gazetesi İzmir Bürosu İstihbarat Şefi, 1989'da Cumhuriyet gazetesi Ankara Bürosu Haber Müdürü, 1992'de Cumhuriyet Gazetesi İstanbul Haber Merkezi Müdürü olan Mustafa Balbay, 1993 yılından sonra ise Cumhuriyet Gazetesi’nin Ankara Temsilcisi olarak görev yaptı. Ayrıca Balbay gazetenin ilk sayfasında bulunan Gündem adlı köşesinde güncel siyasi köşe yazıları kaleme aldı.
Mustafa Balbay Art televizyonunda bir dönem Emin Çölaşan ile beraber Ankara Rüzgarı adlı siyaset programını sunan Balbal, ayrıca Gazi Üniversitesi İletişim Fakültesi’nde de iletişim ve gazetecilik konularında dersler verdi.
Mustafa Balbay, 1 Temmuz 2008 tarihinde, Ergenekon Soruşturması kapsamında Ankara’daki evinden polisler tarafından alınarak gözaltına alındı. Bilgisayarı ve yazılarına el konulan Balbay, 5 Temmuz 2008 tarihine kadar göz altında kalırken, bu tarihte tutuksuz yargılanmak üzere serbest bırakıldı.
Mustafa Balbay 5 Mart 2009 Perşembe günü Ergenekon soruşturması kapsamında tekrar göz altına alındı. Hükümeti düşürmeye teşebbüs suçlamasıyla 6 Mart 2009 tarihinde çıkarıldığı mahkemede tutuklandı.
5 Ağustos 2013 tarihinde İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından karara bağlanan Ergenekon Davası'nda 34 yıl 8 ay hapis cezasına çarptırıldı.
Balbay, evli ve iki çocuk babasıdır.
Ödülleri
Sertel Demokrasi Ödülü, 2004
Kitapları
Dönekrasi (1996)
Türban Kime Kurban (1997)
Ülkelere Değil Savaşa Düşmanım (1997)
Copokrasi (1997)
Cepokrasi (1998)
Balkanlar (1998)
Orta(daki) Asya Ülkeleri (1999)
Yemen Türkler Mezarlığı (2000)
Affedersin La Fontaine (2000)
Yürüt Ya Kulum Demireller Tarihinde 2. Yahya Vak'ası (2001)
Güvercin, Kurt, Bir de Arı Ele Geçirince İktidarı (2002)
Çin'in Uzun Yürüyüşü (2003)
Afrika'nın Uçlarında (2003)
Tarihin Arka Odası: Amerika (2005)
İran Raporu (2006)
Suriye Raporu (2006)
Irak Bataklığında Türk-Amerikan İlişkileri (2007)
Devlet ve İslam (2007)
Heyecan Yaşlanmaz (2007)
Çanakkale'den Avustralya'ya ANZAK TÜRKLERİ (2008)
12 Eylül Sol-Kırımı, 78'liler (2008)
Nasreddin Hoca ile Eşeği (2009)
Nasreddin Hoca ile Çocuklar (2009)
Silivri Toplama Kampı ZULÜMHANE (2010)
Düşünüyorum Öyleyse Sanığım ZULÜMNAME (2011)
Demokrasi Tanrısı ZULÜMDAR (2011)
Gülümsemek Direnmektir (2012)
Halit Çelenk Anlatıyor – Denizlerin Davası(2012)
"O Mektubu Yazan Bendim..." (2012)