Bu sezon UEFA Avrupa Şampiyonlar Ligi 3. ön eleme turunda Portekiz'in Benfica takımına 2-0 ve 1-1'lik sonuçlarla elenerek, yoluna UEFA Avrupa Ligi'nde devam etmek zorunda kalan bordo-mavililer, Athletic Bilbao ile 0-0'ın rövanşına hazırlanırken UEFA'nın kararıyla büyük sevinç yaşadı.
2004-2005 ve 2005-2006 sezonunda UEFA Şampiyonlar Ligi ön eleme turlarında elenerek gruplara kalamayan Karadeniz ekibi, bu kararla birlikte ilk kez grup maçları oynama hakkı elde etti.
Trabzonspor, 2004-2005 sezonunda 2. ön eleme turunda Letonya'nın Skonta Riga takımı karşısında deplasmanda 1-1 berabere kalıp, rakibini sahasında 3-0 yenerek 3. ön eleme turuna yükselmişti. Ancak bordo-mavilier, 3. ön eleme turunda ise Ukrayna'nın Dinomo Kiev takımını deplasmanda 2-1 mağlup etmesine karşın sahasında rakibine 2-0 kaybedince gruplara kalamamıştı.
2005-2006 sezonunda, teknik direktör Şenol Güneş döneminde Kıbrıs Rum Kesimi'nin Anarthosis Famagusta takımına 2. ön eleme turunda 3-1 yenilen bordo-mavililer, sahasında 1-0 galip gelmesine karşın bir üst tura yükselememişti.
Bu sezon da Benfica ile eşleşen ve ilk maçta rakibine 2-0 yenilen bordo-mavililer, İstanbul'da rakibi ile 1-1 berabere kalarak, yine elenen taraf olmuştu.