Deneyimli futbolcu, bundan sonra katılacağı kurslarla teknik adamlığa odaklanacağını belirtti.
Futbola 1994 yılında İzmir'in Narlıdere Esnafspor Kulübünde başlayan Necati, 1999 yılında Altay'a transfer oldu ve profesyonelliğe geçiş yaptı. Kısa süre Aydınspor macerası yaşayan Necati Ateş, 2001-2002 sezonunda Adanaspor'a transfer oldu. Burada gösterdiği performansla büyük kulüplerin dikkatini çeken Necati, 2004-2005 sezonunda Galatasaray'ın yolunu tuttu.
Sarı-kırmızılı formayla Süper Lig ve Türkiye Kupası'nda şampiyonluk yaşayan Necati, dönemin Ankaraspor ve İstanbul Büyükşehir Belediyespor takımları ile İspanya 2. Futbol Ligi ekiplerinden Real Sociedad'da kiralık olarak forma giydi. 2009-2010 sezonunda Antalyaspor'a transfer olan 36 yaşındaki futbolcu, 2011-2012 sezonunun devre arasında yeniden Galatasaray'a döndü. Sarı-kırmızılı ekiple birer lig ve Süper Kupa şampiyonluğu yaşayan Necati, sezon sonunda Eskişehirspor'a gitti.
Eskişehirspor'un ardından Kayseri Erciyesspor'da forma giyen Necati Ateş, son olarak İzmir temsilcisi Karşıyaka'da top koşturdu. Geçen sezonun sonunda Karşıyaka ile olan sözleşmesini fesheden Necati, yeni sezonda herhangi bir takımla anlaşmadı ve futbol yaşantısını sonlandırdı.